Les archives des 26 cantons et demi-cantons constituent en Suisse la trame d'une transmission documentaire à caractère fédéraliste. Les archives des 13 anciens cantons documentent l'histoire de ces Etats avant 1798, leurs relations entre eux ainsi qu'avec leurs alliés et avec l'étranger. On y trouve aussi des documents relatifs à l'administration des bailliages communs et des bailliages dépendant des divers cantons. Les Archives des chartes fédérales de Schwyz, conçues comme un musée en 1936, sont consacrées aux chartes des Confédérés, au nombre desquelles figure le fameux Pacte de 1291; d'autres Archives cantonales possèdent des documents analogues, à la réserve de la première charte.

Au type d'archives des 13 cantons correspondent les archives des Ligues grisonnes, des dizains du Valais et de la République de Genève. Les Grisons possèdent des fonds concernant la Valteline avant 1797. Quant aux cantons constitués après 1803, leurs fonds ne se limitent nullement aux documents postérieurs à 1798: ils détiennent en général des documents relatifs aux anciennes seigneuries, juridictions, bailliages, districts, etc. qui remontent jusqu'à la fin du Moyen Age. On signalera l'importance en Suisse romande des actes notariés, conservés depuis le XIVe siècle. Les Archives d'Etat d'Argovie et de Thurgovie disposent de fonds importants relatifs à la Diète; les cantons de Zurich, Berne et Lucerne, qui menaient une politique étrangère avant 1798, possèdent des documents d'importance internationale, tout comme Genève avec ses registres de la Compagnie des pasteurs et du Consistoire. Des ensembles dont certains éléments remontent à l'époque carolingienne aboutirent également dans les dépôts publics lors de la sécularisation de divers couvents et abbayes au XVIe et au XIXe siècle. D'autres cantons disposent d'importantes archives privées, comme par exemple le Jura, qui possède ses propres Archives cantonales depuis 1979. Non contents de conserver leurs fonds, les Archives cantonales se sont vouées à partir de 1800, et de façon fort notable, à la recherche historique. C'est aux archivistes cantonaux, bien plus qu'aux universités, qu'on doit d'importantes éditions et des contributions essentielles à l'Histoire nationale. Cette tradition explique que les Archives cantonales, pauvres en personnel, ont subi fortement le choc des nouveaux défis auxquels elles sont confrontées depuis le début des années 70.

L'installation des archives dans des bâtiments spécialement conçus pour elles témoigne de l'importance et de la nouvelle identité qu'on leur reconnaît de plus en plus. Les premières à emménager dans leurs quartiers furent les Archives de Bâle-Ville (1899), suivies de Berne en 1949. Après Bâle-Campagne (1961), Soleure (1969), Zurich (1982), Vaud (1985), Zoug (1991) et Lucerne (1993), c'est l'Argovie et le Tessin qui disposeront dès 1998 de locaux conçus spécialement pour leurs archives.